2022年1月1日，海关总署发布《中华人民共和国海关综合保税区管理办法》（海关总署第256号令，以下简称《办法》），自2022年4月1日起施行。
综合保税区在贸易便利化、营商与投资环境等方面，对于我国一带一路、西部陆海新通道、长江经济带等战略布局具备极其重大的服务和保障功能。截至2021年12月底，全国共设立海关特殊监管区域168个。其中，综合保税区155个，保税区9个，保税港区2个，出口加工区1个，珠澳跨境工业区（珠海园区）1个。分布在31个省（自治区、直辖市）。全国海关特殊监管区域总规划面积450.212平方公里，已验收350.96平方公里。综合保税区数量占现有海关特殊监管区域数量的比例达92.3%，已成为海关特殊监管区域绝对主力军。2021年，全国综合保税区实现进出口值5.9万亿元（人民币，下同），同比增长23.8%，较同期全国外贸进出口增幅（21.4%）高2.4个百分点，占同期全国外贸进出口值（39.1万亿元）的15.1%，以不到十万分之五的国土面积，实现全国七分之一的外贸进出口值。
在《办法》出台之前，海关对综合保税区管理参照《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》（以下简称《保税港区管理办法》）实施，已不能够满足综合保税区更高水平开放更高质量发展以及新海关监管的新要求，有必要制定专门的海关规章予以规范。
为落实党的十八届三中全会关于“快速推进海关特殊监管区域整合优化”精神，根据国务院办公厅《加快海关特殊监管区域整合优化方案》(〔2015〕66号)、《国务院关于促进综合保税区高水平开放高水平发展的若干意见》（国发〔2019〕3号）要求，海关总署在以《保税港区管理办法》为主要框架的基础上，结合海关监管实践及机构改革后海关新职能，通过广泛征求各部门意见，研究出台了《办法》，这是海关对综合保税区管理法制化进程的最新成果，也是当前和今后综合保税区管理的重要纲领性文件。
《办法》具体列明了综合保税区可以开展的11大类业务：研发、加工、制造、再制造，检测、维修，货物存储，物流分拨，融资租赁，跨境电子商务，商品展示，国际转口贸易，国际中转，港口作业及期货保税交割。各地各区域能结合自身优势招商引资，企业也可以对号入座、差异化发展。
《办法》中规定了保税、减免税、退税、缴税等税收政策，体现了综合保税区的税收优势。
◎综合保税区与其他综合保税区等海关特殊监管区域、保税监管场所之间往来的货物予以保税。
◎区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；
区内企业组织《管理办法》第五条所列业务所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；综合保税区行政管理机构和区内企业自用合理数量的办公用品；
自国务院批准设立综合保税区之日起，从境外进入综合保税区的区内企业自用机器、设备。
◎综合保税区与其他综合保税区等海关特殊监管区域或者保税监管场所之间流转的货物，不征收关税和进口环节税。
境内区外货物、设备以出口报关方式进入综合保税区的，其出口退税依照国家有关规定办理。
◎综合保税区与区外之间进出的货物，区内企业或者区外收发货人应当按照货物进出区时的实际状态依法缴纳关税和进口环节税。
区内企业加工生产的货物出区内销时，区内企业或者区外收发货人可以选择按照其对应进口料件缴纳关税，并补缴关税税款缓税利息；进口环节税应当按照出区时货物实际状态照章缴纳。
◎区内企业在加工生产过程中使用保税料件产生的边角料、残次品、副产品以及加工生产、储存、运输等过程中产生的包装物料，运往区外销售时，区内企业应当按照货物出区时的实际状态缴纳税款。
根据生态环境部、商务部、发展改革委、海关总署联合签发的关于全面禁止进口固体废物有关事项的公告，《办法》明确了区内企业产生的固体废物出区按照国内固体废物相关规定执行并办理海关手续，解决了区内企业固体废物处置难题。
进一步简化了不可抗力损毁灭失货物处置流程，对因不可抗力造成损毁货物情况的，取消原来的“企业书面报告”，境外入区的损毁货物由企业自行办理内销或退运手续，无需按照海关审定价格征税。
区内企业办理集中申报手续时限应为每季度结束的次月15日前办理。“出区检测、维修期限由最长不超过90日”修改为：经海关同意，可以在检测维修合同期限内运回综合保税区。取消了超过2年需要向海关备案的规定，明确区内货物不设存储期限。
对区内设备区分境外免税（一线）、境内入区享受退税（二线）进行监管，监管年限参照进口减免税货物的监管年限管理，届满自动解除监管。
02、综合保税区与中华人民共和国境内的其他地区（以下简称区外）之间进出的货物属于关税配额、许可证件管理的，区内企业或者区外收发货人应当取得关税配额、许可证件。
03、区内企业在加工生产过程中使用保税料件产生的边角料、残次品、副产品运往区外销售时，属于关税配额、许可证件管理的，区内企业或者区外收发货人应当取得关税配额、许可证件。
04、外发加工产生的边角料、残次品、副产品不运回综合保税区，属于关税配额、许可证件管理的，区内企业或者区外收发货人应当取得关税配额、许可证件。
01、明确了对综合保税区进出境货物及其外包装、集装箱以及进出境交通运输工具的检疫要求：
境外进入综合保税区的货物及其外包装、集装箱，应当由海关依法在进境口岸实施检疫。因口岸条件限制等原因，海关可以在区内符合条件的场所（场地）实施检疫。
综合保税区与境外之间进出的交通运输工具，由海关按照进出境交通运输工具有关法律法规实施检疫。
02、明确了检疫原则上在进出境环节实施、严守国门安全，对综合保税区与区外之间进出的货物及其外包装、集装箱不实施检疫。
《管理办法》全面体现海关新职能，正式施行后，将有力提升综合保税区管理的科学化、规范化和法制化水平，助力企业提高效率、提升效能、提增效益，逐步优化综合保税区营商环境，增强企业政策获得感和幸福感。对打造对外开放新高地，加快形成国际国内双循环相互促进的新发展格局，助推综合保税区建设发展成为具有全球影响力和竞争力的加工制造中心、研发设计中心、物流分拨中心、检测维修中心、销售服务中心等“五大中心”，进一步促进综合保税区高水平开放高水平质量的发展具备极其重大意义。
呼和浩特关区目前共有2个综合保税区。2017年，首个综合保税区——鄂尔多斯综合保税区获国务院批复设立，2021年进出口贸易值25.35亿元，同比增长5.12倍；2018年，呼和浩特出口加工区整合优化为呼和浩特综合保税区，2021年进出口贸易值34.95亿元，同比增长2.75倍。