由海关参照有关法律法规对综合保税区来管理，执行保税港区的税收和外汇政策，集保税区、、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和
综合保税区是开放型经济的重要平台，对发展对外贸易、吸引外商投资、促进产业转型升级发挥着及其重要的作用，已成为中国开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全的海关特殊监管区域，是对外开放的新高地。2019年1月国务院印发了《关于促进综合保税区高水平开放高水平发展的若干意见》（国发〔2019〕3号），赋予综合保税区改革开放新使命，要打造具有国际竞争力和创新力的海关特殊监管区域。那么综合保税区可以开展哪些业务呢？
目前，综合保税区参照《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》来管理。区内可以开展下列业务：
除国家另有规定外，综合保税区内仓储的保税货物不设储存期限，并且取消了“存储期限超过2年的，区内企业应当每年向海关备案”。因此，区内公司能够充分的利用综合保税区的保税功能，将进口货物存储在综合保税区内，待需实际交付时再出区完税；同时，可通过综合保税区入区退税的功能，尽早实现出口货物退税。
国际贸易中进出口货物通过第三国易手进行交易而非在生产国与消费国之间直接进行时，对于第三国而言就是转口贸易。综合保税区依托其保税功能，能够最终靠指定交付等形式实现国际转口贸易。
综合保税区内公司能够在国际国内采购货物，并存放在区内，并通过不同的流通渠道进行分销和配送。因为综合保税区可以沟通国际国内两种资源、两个市场，有利于企业最大限度的实现贸易利益最大化。
国际中转是指货物由境外启运，经中转港换装国际航线运输工具后，继续运往第三国或者地区的物流形式。综合保税区内企业依托保税功能，可以在尽量低成本的前提下实现货物的转移。对于地理位置优越，处于交通节点的综合保税区来说，可以承载大量的转口贸易。
综合保税区内公司能够开展航空航天、船舶、轨道交通、工程机械、数字控制机床、通讯设备、精密电子等产品的维修业务、除法律、行政法规、国务院的规定或国务院有关部门依据法律、行政法规的授权作出的规定准许外，区内企业不可以开展国家禁止进出口货物的维修业务。
区内企业维修后的货物应根据其来源复运至境外或境内区外、区内企业不可以通过维修方式开展拆解、报废等业务。
目前开展维修的经营事物的规模仅公布了第一批维修产品目录（《商务部 生态环境部 海关总署关于支持综合保税区内企业组织维修业务的公告》），后续目录正在拟定中。
综合保税区内公司能够将综合保税区内保税货物凭保后运至区域外进行展示。开展商品展示的场所，为综合保税区规划面积以内、围网以外综合办公区专用的展示场所，或者综合保税区以外其他固定场所。
综合保税区内企业经批准并满足相关监管条件后可以有形料件、试剂、耗材及样品等开展研发业务。除法律、行政法规、国务院的规定或国务院有关部门依据法律、行政法规授权作出的规定准许外，不得开展国家禁止进出口货物的保税研发业务。区内企业组织保税研发业务不按照加工贸易禁止类目录执行。
综合保税区内生产公司能够在国际国内采购原辅料、包装物料等，经加工或装配后，将成品销往国际国内两个市场。区内企业不可以开展高耗能、高污染和资源性产品以及列入《加工贸易禁止类商品目录》商品的加工贸易业务。
为充分发挥综合保税区政策功能，履行综合保税区的历史使命，企业若认为需在综合保税区内开展除上述规定外的其它业务，可以向主管海关反映相关诉求。
截止目前，四川已获批综合保税区6个，其中成都高新综合保税区已正式运行，今年1-6月实现进出口值2489.1亿元，同比增长27.6%，位居全国综合保税区首位。
成都高新西园综合保税区、成都国际铁路港综合保税区、宜宾综合保税区、泸州综合保税区、绵阳综合保税区，正在加紧建设过程中，尚未正式验收。