两部分在联合发布的《关于标准船只进口有关税收方针问题的告诉》中指出，保税港区等海关特别监管区域的进口保税方针不适用于并不能实践入区的进境船只。
两部分表明，此举旨在保护税收方针的权威性和严肃性，增强航运业方针与船只工业方针之间的协调性，防止对国内船只工业的开展形成冲击。
两部分清晰，除符合条件可享用中资“便利旗”船回国挂号进口税收方针的船只外，其他在保税港区等海关特别监管区域挂号的进境船只，应按进口货品的有关法律法规处理报关手续，一致履行现行船只进口的税收方针，照章交纳进口关税和进口环节增值税。
所谓进口保税，是指进口货品一旦进入保税物流中心，就可以享用国家的保税方针，暂缓缴税。“便利旗”船，是指在外国挂号、悬挂外国国旗并在世界市场上进行营运的船只。