日前，中国国务院发布了一份题为《关于促进特殊监管区科学发展的指导意见》的文件，文件明确，包括保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区、综合保税区等在内的6类海关特殊监管区域，将逐步整合为“综合保税区”;不符合标准要求的特殊监管区，将由海关总署报请国务院予以撤销。上述文件还要求，特殊监管区域实行总量控制，适度控制增量，整合优化存量。
“很明显，这是对目前各地明目繁多的各类园区的一种规范，对地方上项目开口子，开辟新的开放区享受政策，会有一定影响。”一名接近政策制定的人说，“因为这对海关的监管能力提出了很高要求，不可能全国设这么多的关，派这么多的人去监管。”
据前瞻网产业研究院多个方面数据显示，自1990年5月，国务院批准设立上海外高桥保税区以来，据中国保税区出口加工区协会提供的数据，截至2011年9月30日，全国共有海关特殊监管区域111家，其中综合保税区18家、保税港区14家、保税区12家、跨境工业区2家、保税物流园区5家、出口加工区(包括B区)60家。
长三角某市商务系统的人偷偷表示，从地方政府的角度来说，如果建立了海关特殊监管区，不但可以借用国家优惠政策的东风，也能吸引更多的企业到本市来出口，这一些企业的出口，都会算作该市名下，从进出口数据的提升来说，会更有好处。也免除了本地企业还需要去外地保税园区出口的不便。
20多年来，特殊监管区域在承接国际产业转移、推进加工贸易转型升级、扩大对外贸易和促进就业等方面发挥了非消极作用，但发展中也存在种类过多、功能单一、重申请设立轻建设发展等问题。
比如，像外贸第一大省广东，有海关特殊监管区域10多个。不同海关特殊监管区域有不一样职能。例如保税区虽有加工和物流功能，但不能享受国内货物入区即可退税政策;出口加工区有“入区退税”政策，但只能开展加工业务，缺少物流功能;而保税物流园区也有“入区退税”政策，但只能开展仓储物流业务，缺少加工功能，只有保税港区和综合保税区的功能政策比较齐全。
这种状况存在类型偏多，功能和政策存在重复和杂乱，不一样的海关特殊监管区名称、功能和实施的政策各不相同，又有一定相似性，会造成混淆不清。
《指导意见》指出，在基本不突破原规划面积的前提下，逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及合乎条件的保税区整合为“综合保税区”。未来新设立的特殊监管区域，原则上统一命名为“综合保税区”。
上述接近政策制定人士指出，对于传统意义上的出口加工区，已经算是监管相对严格了，但对于各地更多名目建立的新区，则面临政策协调的问题。
而另据有关部门的的人偷偷表示，此类政策已在海关内部酝酿多年，原因也来自于各地名目繁多的园区项目，很多已经偏离了海关原有的监管范围，例如本来申报的是保税区，到最后发现其他五种监管区的内容也在上马，而且对园区监管验收的海关、国检、质检等部门，本身监管的内容也几乎大同小异，集中在进口免税、监管放行等方面，因此，决定进行统一管理。
事实上，早在2009年11月18日，上海就进行了一次有效的整合。当时，作为上海市政府的派出机构，上海综合保税区成立，其统管面积共达20多平方公里的“三区”洋山保税港区、外高桥保税区(含外高桥保税物流园区)及浦东机场综合保税区，也是全国第一个实行了保税区、保税港区、保税物流园区和综合保税区四大类型海关特殊监管区的统一管理。
上海综合保税区网站上一则信息数据显示，今年10月12日上午，国家财政部关税司副司长王小龙一行来到上海综合保税区当地考验查证，调研上海海关特殊监管区域发展状况。在听取了上海综合保税区、松江出口加工区和青浦出口加工区的相关情况汇报后，王小龙指出，上海各海关特殊监管区在发展模式上的探索和创新，为逐渐完备海关特殊监管区域制度提供了宝贵的先行先试经验。上海推动“三港三区”联动发展，通过整合行政管理更好地发挥了综合统筹的政府职能，实现了政策、资源、产业和功能在三区的联动互补和合理布局，具有很重要的意义。
此次国务院提出逐步将现有海关6类特殊监管区域整合为综合保税区，对出口大省尤其是加工贸易占主导的广东而言是一大利好。据前瞻网记者了解，目前，广东实际经营运作的加工贸易企业约3.3万家，2011年全省加工贸易出口额达3115.22亿美元，占全省出口额的58.69%。
“综合保税区的政策是最全面的、保税政策是最优秀的，包括加工、仓储等所有的环节都能保税。”广东外语外贸大学国际经济贸易研究中心副主任肖鹞飞表示，此次其他海关特殊监管区域整合成综合保税区，也就从另一方面代表着其他几类海关特殊监管区将叠加最全面的政策优惠，而综合保税区对于两头在外的加工贸易来说有非常大作用，“能大大的提升加工贸易出口的竞争力，更有助于监管部门的管理，有效弥补在税收等方面的漏洞。”
事实上，在上海整体经济面临考验的情况下，上海综合保税区的各项主要经济指标持续增长，特别是进出口额和工商税收依然呈现两位数以上的较快增长。
数据显示，今年1~6月份，上海综合保税区完成商品销售额5200亿元，同比增长8.0%，进出口总额550亿美元，同比增长14.0%，工商税收246.7亿元，同比增长15.7%。区域工商税收、商品销售额、物流公司营收在全国103个海关特殊监管区域中的比重均占到半壁江山，进口总额占上海总量的37%。
作为上海国际航运发展综合试验区的主战场，上海综合保税区近两年来有各项新型业务功能得以先行先试，比如期货保税交割业务、国际贸易结算中心试点、融资租赁、保税船舶登记、“国家进口贸易创新示范区”等等。
此前上海综合保税区管委会副主任简大年还表示，下半年将把现已突破的各项功能继续做深做实，同时大力推动国际中转集拼、机场综保区区港一体化运作、全球检测维修中心、离岸账户政策试点、亚太营运商培育等新型功能尽快在上海综合保税区实现运作。
《指导意见》还要求，对现有正在建设的保税区等，要“严格建设和验收”。特殊监管区要严格按国务院批准的四至范围和规划用地性质规划建设，由海关总署及有关部门实施联合验收。严禁擅自增加或改变经联合验收过的相关设施。
与此同时，要建立海关特殊监管区的退出机制。比如，要明确首期验收土地面积比例和验收期限;超过验收期限尚未验收或验收后土地利用率低、运行效益差的，由海关总署责令整改;规定期限还没完成整改任务的，经国务院批准可撤销或核减规划面积。
国务院明确，支持特殊监管区域内企业选择高技术上的含金量、高的附加价值的项目，开展境内外检测维修业务;鼓励在有条件的特殊监管区域开展研发、设计、创立品牌、核心元器件制造、物流等业务;促进特殊监管区域向保税加工、保税物流以及保税服务等多个领域发展。
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